ベビーアーク団の活躍により、世界が平穏を取り戻してから数世紀後ーー 地底より突如として現れた、大皇帝メロード率いる地下帝国の侵略によって地球は瞬く間に荒廃し、人類は宇宙ステーションでの生活を余儀なくされていた。 帝国の侵攻が宇宙にまで迫る中、窮地に陥った人類を救うために、立ち上がる者たちが現れる。それは、かつてベビーアーク団との戦いにより、自分たちの過ちに気づき、次世代に真なる正義を継承していたモンストワラベンジャーの子孫たちだったーー 受け継がれた絆とチカラが交差するとき、運命が動き出す！