魔法学園を有するジュエルズ帝国は、 軍事力による世界征服を企むアルカハル帝国の侵略により、戦乱の渦中にあった。 そんな折、魔法学園に、謎めいた男子生徒・オニキスが転校してくる。 彼の持つ強大な魔法能力にいち早く気づいた女子生徒、アレキサンドライトとクリスタル。 この三人の少年少女が世界を救う希望となることを、この時はまだ誰も知らなかった――。